Thành phố nằm ở cao độ 990 m, chỗ hợp lưu của hai sông Choluteca và Guacerique. bao quanh thành phố là núi cao với ngọn El Picacho (1240 m) trấn hướng đông bắc là cao nhất. Lui về hướng tây là thị trấn Comayagüela, nay đã sáp nhập vào Tegucigalpa. Các khu gia cư nghèo nàn chật hẹp xây cất bằng vật liệu phế tạp được cất dọc triền núi trong khi những khu El Hatillo, Lomas del Guiiarro, Palmira và Loma Linda giàu sang ở trung tâm thành phố lâu đời hơn được thiết kế có quy củ rộng rãi hơn. Vì địa thế lòng chảo gần như khép kín Tegucigalpa hay bị ô nhiễm không khí, nhất là vào mùa khô. Một vầng mây khói bao trùm thung lũng cho đến khi có mưa mới tan.

Với cao độ đáng kể, Tegucigalpa có khí hậu mát mẻ dễ chịu không quá ẩm thấp mặc dù thành phố nằm trong vùng nhiệt đới. Nhiệt độ trung bình là từ 19-23 °C. Tháng Chạp và Tháng Giêng mát nhất, trong khi Tháng Ba và Tháng Tư (trùng vào mùa Phục sinh) là hai tháng nóng và khô nhất. Mùa mưa từ Tháng Sáu đến Tháng Mười Một có thể có bão thổi vào từ biển Caribe